Latvijā realizējot Rail Baltica projektu, ir atklājušies vairāki būtiski izaicinājumi, tostarp nepieciešamais finansējums un termiņu ievērošana. Saeimas komisija ir paziņojusi, ka trūkst no trim līdz četriem miljardiem eiro pirmās kārtas pabeigšanai, kamēr projekta īstenotāji brīdina, ka būvniecība var kavēties par trim līdz pieciem gadiem. Eiropas Revīzijas palāta ir norādījusi, ka pirmo kārtu visticamāk neizdosies pabeigt līdz 2030. gadam. Politiskā diskusija par atbildību un finansējumu turpinās, kamēr ekspertu revīzija par Rail Baltica projekta lietderību ir uzsākta kopā ar Baltijas valstīm.