Pēdējā laikā Nacionālajā botāniskajā dārzā aktuāli ir bijuši vairāki konkursi uz direktora amatu, kuri diemžēl atkārtoti noslēgušies bez rezultāta. Turklāt drīz paredzēta nākamā reorganizācija, kas saistīta ar Botāniskā dārza pievienošanu Dabas aizsardzības pārvaldei. Tas sola uzlabot efektivitāti un ietaupījumus, tomēr rada bažas par organizācijas nākotni.