Rail Baltica projekts saskaras ar vairākiem izaicinājumiem, kas saistīti ar Rīgas savienošanu un valdības iekšējām diskusijām. Premjere Evika Siliņa un satiksmes ministrs Kaspars Briškens izteikuši asus vārdus par projekta virzību un izmaksām, kas var radīt sociālo spriedzi. Valdība konceptuāli atbalstījusi prioritāros uzdevumus, tomēr joprojām nav skaidras vienošanās par pirmās kārtas ieviešanu. Turklāt, saņemta skarba ziņa no Strasbūras, ka pilna apjoma finansējumu būs grūti iegūt. Opozīcijas deputāti norāda, ka šis projekts ir ministra un valdības atbildība. Diskusijās arī skaidri pausta nepieciešamība pēc reālistiska plāna, nevis sapņu pilsēm, ņemot vērā esošās realitātes un ierobežotos resursus. Valdības sēdēs tiek uzsvērts, ka Latvijai ir jābūvē šis dzelzceļš, lai nodrošinātu ilgtspējīgu pārvietošanos un uzlabotu reģiona drošību.