Das E-Rezept-System steht aufgrund häufiger technischer Pannen in der Kritik. Zahlreiche Apotheker berichten über diverse Störungen, die dazu führen, dass Tausende von Patienten keine E-Rezepte einlösen können. Besonders in Fällen, in denen E-Rezepte über AOK-Karten ausgestellt werden, häufen sich die Probleme. Viele Apotheker vergleichen die Zuverlässigkeit des E-Rezept-Systems sogar mit der der Deutschen Bahn und fordern vom Apothekerverband sowie von der Gematik stabilere Lösungen. Die Situation hat sich verkompliziert, da auch die Software in Arztpraxen nicht ordnungsgemäß funktioniert, was zu weiteren Verzögerungen führt. In einem gemeinsamen Aufruf bitten Apotheker um mehr Flexibilität und um eine grundsätzliche Überarbeitung des Systems.