Rail Baltica projekta īstenošana Latvijas teritorijā sastopas ar vairākiem izaicinājumiem, īpaši attiecībā uz finansējumu un būvniecības progresu. Satiksmes ministrija norādījusi, ka ar esošo finansējumu Latvijā iespējams izbūvēt aptuveni 53 kilometrus pamattrases uzbērumu, taču projekta virzība izraisa bažas ne tikai Latvijas iedzīvotāju vidū, bet arī kaimiņvalstīs. Lietuvas amatpersonas kritizē Latvijas lēno rīcību, uzsverot, ka nepieciešams ātrāk risināt jautājumus par būvdarbu termiņiem un finansējumu. Lielākā daļa Latvijas iedzīvotāju tomēr izsaka atbalstu šim projektam, un tiek uzdoti jautājumi par tā turpmāko izaugsmi un sekmīgumu.