Saskaņā ar vācu mediju pētījumiem, Krievija izmanto nogrimušā prāmja "Estonia" vraku spiegošanai un militāro informāciju iegūšanai par NATO spēku pārvietošanos Baltijas jūrā. Eksperti brīdina, ka šajā vrakā varētu būt ieperinājušies Krievijas spiegi, kas veic izlūkošanu un savāc informāciju. Šie atklājumi liek domāt, ka Krievija ir apvienojusi savus izlūkošanas centienus ar vides apmācībām, izmantojot kuģa vraku kā zemūdens slēptuvi.