Recentelijke rechtszaken hebben bevestigd dat zowel Rotterdam Airport als Eindhoven Airport verplicht zijn om natuurvergunningen aan te vragen. De rechter heeft geoordeeld dat de eerdere besluiten van het kabinet, die de noodzaak voor deze vergunningen negeerden, ongeldig zijn. Dit besluit komt als een grote overwinning voor tegenstanders van Lelystad Airport, die hebben aangedrongen op een herbeoordeling van de uitbreiding van het luchthaventerrein. Natuurorganisaties hebben ook hun gelijk gekregen; de rechter stelde dat beide luchthavens aan de natuurwetgeving moeten voldoen. Dit heeft tot gevolg dat de staatssecretaris opnieuw moet overwegen of hij handhavend gaat optreden tegen Lelystad Airport.