Rail Baltica projekts nonācis smagā situācijā, jo nepieciešami papildus līdzekļi aptuveni 3,7 miljardu eiro apmērā. Eiropas Komisijas viceprezidents Valdis Dombrovskis uzsver, ka šobrīd ir svarīgi izvērtēt projekta izmaksas, jo Latvijas valdība ir maldinājusi sabiedrību attiecībā uz finansējumu. "RB Rail" norāda, ka noslēgtais līgums izmaksā par 66% vairāk nekā līdzīgi projekti Igaunijā. Satiksmes ministrs Kozlovskis apgalvo, ka lēmumi par tālāko projekta virzību jāpieņem līdz vasaras beigām. Ir izskanējušas arī bažas par iespējamu korupciju valdības struktūrās, kas varētu būt ietekmējusi projekta cenu kāpumu.